Năm 1954, Andropov trở thành Đại sứ Liên Xô tại Hungary và giữ chức vụ này trong cuộc nổi dậy của người Hungary. Sau các sự kiện này, Andropov rơi vào một tình trạng "rắc rối Hungary", theo nhà sử học Christopher Andrew: "ông đã theo dõi một cách sợ hãi từ các cửa sổ đại sứ quán những sĩ quan an ninh Hungary bị căm ghét đang bị treo cổ lên các cột đèn. Andropov bị ám ảnh trong suốt cuộc đời về tốc độ mà một nhà nước độc đảng cộng sản hùng mạnh bắt đầu bị lật đổ. Khi những chế độ cộng sản khác sau này dường như gặp nguy cơ - tại Praha năm 1968, tại Kabul năm 1979, tại Warsaw năm 1981, ông tin tưởng rằng, như tại Budapest năm 1956, chỉ lực lượng vũ trang mới có thể đảm bảo sự tồn tại của chúng"[5]

Andropov đóng vai trò quan trọng trong việc trấn áp cuộc nổi dậy Hungary. Ông đã thuyết phục Nikita Khrushchev khi ấy đang do dự rằng một sự can thiệp quân sự là cần thiết.[5] Mặt khác, ông lại nói với Imre Nagy và những nhà lãnh đạo Hungary khác rằng chính phủ Liên Xô sẽ không tấn công Hungary ngay khi cuộc tấn công sắp diễn ra. Các lãnh đạo Hungary bị bắt giữ và Nagy bị hành quyết.